元々全学会は、学生運動の際に発足した「名古屋大学全学学生自治会連合会」という団体を起源としています。
名古屋大学における学生自治の歩みは、社会情勢や組織改編と共に変遷を遂げてきました。
１．自治会の再編と全学会の成立（〜2008年）
かつて名古屋大学には多くの学部自治会が存在していました。しかしながら、2000年代以降、多くの団体が解散または活動を停止しました。
2000年ごろ
文・経・工・情・農の各学部自治会が解散したと見られます。
2006年
医学部自治会が解散しました。
この時期、全学会は「自治会の連合組織」としての性格を持っていました。
２．脱政治路線への転換（2009年〜2011年）
組織のあり方を見直し、特定の政治色から距離を置く改革が始まりました。
2009年に当時の役員が全員退任し、新たなメンバーで組織が再構成されたことが大きな転換点となりました。この際、以前の活動方針をベースにしつつも、特定の政治色から距離を置く新しい路線が敷かれました。
2009年
全学会は「脱政治路線」を鮮明にし、役員体制を一新しました。この時点での加盟自治会は教育、法、理の3学部でした。
2011年
組織運営の安定化を目指し、スタッフ制度が導入されました。
３．組織の危機と規約改正（2012年〜2013年）
加盟団体の活動存続が危ぶまれる中、全学会は大きな転換点を迎えました。
2012年から2013年にかけて、加盟自治会の役員不在や活動停滞により、全学会自体の存続が危ぶまれる事態となりました 。これを受け、2013年の規約改正では「自治会の連合組織」から「全学生で構成する組織」へと定義を変更し、特定の政治団体や外部組織の動向に左右されない、より広範な学生を基盤とした組織への脱皮を図りました。
2012年
法学部自治会の役員不在が深刻化し、自治会費の一括徴収が見送られるなどの危機的状況に陥ります。
また、これと同時期に他大学にて全国規模または県単位の学生連合組織脱退の動きがあったことを受け、全学会内部でも「外部団体の活動方針には同意できない」という判断がなされました 。以降全学会は、これらの学生連合組織の委任状提出を取りやめるなど、組織としての独立性と自律性を確保するための措置が取られました。
2013年
全学会の存続をかけ、解散ではなく「規約改正」の道を選択しました。
この際に全学会は、従来の「自治会の連合組織」から、「自治会と全学生で構成する組織」へと定義を変更しました。
こうして、自治会の存廃が全学会の解散に直結するリスクを回避し、全ての学生を基盤とする「学生会」としての性格を強めました。
この際に、名称を現在の「名古屋大学全学学生会」に改称しました。
４．組織の自律化と運営方針の明確化（2019年〜2022年）
全学会は、全学的な学生組織としての自律性を高めるため、学部自治会との関係性を見直し、全学生の利益を最優先とする運営方針を明確にしました。
2019年
臨時大会において、全ての学部学生自治会との連携を解消し、独立した運営体制を確立することが決定されました。
2020年〜2022年
社会情勢の変化（コロナ禍）に伴い、対面活動が制限される中で、組織の安全性を重視した慎重な運営が続けられました。
５．現在
2025年
全学会の存在意義を見直し、組織再編を開始しました。
局制度を導入しました。また、内部企画を立案する取り組みが開始されました。それらに伴い人員も拡大しつつあります。
２０２５年１２月の臨時大会にて、これらのことを踏まえ、規約改正がなされました。